No pasa nada... de hecho estoy muy tentado de postear los protocolos de ajustes de ese tipo en save games y similares. Cuando tenga un poco de tiempo y ganas, supongo.
Desgraciadamente, el vasallaje no pasará al nuevo rey. Por ejemplo, si eres el rey de Castilla y conquistas el reino de Jerusalén, cuando vayas creando condados, su línea de vasallaje será a tu título principal, o sea, a castilla. Por lo tanto cuando concedas a uno el título de rey de Jerusalén... te seguirán a tí todavía. La única forma es cambiar las tags de vasallaje en el save game, o hacer que les baje mucho la lealtad, con lo que normalmente se pasarán de bando a su 'rey natural'.
Con los condados iniciales de los escenarios esto no pasa. Por ejemplo, el duque de Provenza tiene vasallaje al reino de Borgoña, no al de Alemania. Así que si por lo que sea se diera ese reino a alguien que no fuera el rey alemán, cambiaría de bando.
Para crear reinos sin alterar el savegame lo mejor es conservar todo el nuevo territorio bajo tu dominio, y luego concederlo en bloque, que el nuevo rey ya se creará sus propios vasallos. Lo malo es que para hacer eso muchas veces tienes que lidiar con una efectividad de dominio brutalmente baja durante bastante tiempo.