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En effet, sous Vista et 7, si le jeu est installé dans ProgramFiles, les fichiers modifiés en cours de partie sont copiés dans un 'VirtualStore' qui se trouve dans le répertoire de l'utilisateur. C'est là que ce trouvent les versions actives des fichiers de sauvegardes, settings, etc. Si tu trouves pas, fais une recherche sur settings.txt en tant qu'Admin ; si tu installes le jeu en dehors de ProgramFiles, l'inconvénient disparaît.
Dans le dossier Europa Universalis, il est possible d'utiliser le bouton 'compatibilité' (pas sur du nom, moi non plus...) qui fait revenir les fichiers dans leur dossier d'origine.