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Les génois, qui avaient aider les Pisans à expulser les Sarrasins de Corse convoitaient aussi l'île. Ils engagèrent alors les Pisans dans un conflit opiniâtre qui se termina par la destruction de la flotte Pisane en 1284.
Le triomphe de gênes était total. Il fut officiellement sanctionné, en juillet 1299 par la trêve signé entre elle et Pise.
La Victoire Navale de Meloria, en 1284, mais surtout les campagnes de Luchetto Doria, en 1289, et de Nicolô Boccanegra, en 1290 lui avait déjà valu les ralliements des féodaux abandonnés par Pise, qui, dès 1288 renonçaient à ses châteaux et à ses domaines insulaires.
La Corse lui appartenait désormais sans partage en dépit du Saint Siège lui-même, qui , en 1297 essayait de la lui arracher pour la donner à la maison d'Aragon, qui n'en eut cure sur le moment.
Gênes n'a cependant pas la tache facile, il lui faut d'une part s'imposer face aux ennemis de l'intérieur: toujours aux Sarrasins, dont on tentera plus tard de limiter les dégâts en ceinturant l'île d'un chapelet de tours de guet, mais aussi face aux Aragonais, installés en Sardaigne et qui nourrissent l'ambition de se tailler un empire méditerranéen; ensuite face aux Français qui, au temps des rois Valois, considèrent Gênes comme l'alliée de l'Espagne et voient dans la Corse un pion maître sur l'échiquier international.
Que de convoitises étrangères autour d'une petite île !. Les convoitises génoises sont les plus fortes, parce qu'elles s'étalent sur la puissance bancaire et la vocation coloniale de la "Superbe" République.
D'autre part, Gènes doit mater les insulaires, qui sont têtus. Au sud de l'île, elle est aux prises avec les familles féodales de la "Terre des Seigneurs".
Au nord, avec une confédération de communautés villageoises, la "Terre du Commun", ou chaque paroisse a son Podestat, son Procureur, ses gardiens, ses caporaux. Gênes se décharge d'abord de ses responsabilités sur une société par actions (la " mahone "), puis sur la Banque de Saint-Georges, qui implante en Corse une administration hiérarchisée, sans parvenir à triompher de la résistance active ou passive des insulaires.
Le Doge reprend alors la Corse en main, en la confiant à un Office qui dispose de la toute-puissance, personnifiée par un Gouverneur.
L'île est divisée en dix provinces, elles-mêmes divisées en pieves, qui sont soixante-six au total: la pieve génoise ne fait que reprendre un vieux partage de la terre Corse. Elle tire son nom du latin plebs, qui désigne une collectivité de familles (comme les ple, pleu ou plou de la Bretagne romanisée). Ce cadre administratif est destiné à subordonner les féodaux du Sud aussi bien que les communautés du Nord.
Il serait injuste de condamner en bloc la gestion génoise. La Superbe ne se donne pas pour mission d'opprimer. Elle s'est assurée de la Corse pour des raisons stratégiques. Elle la garde pour des raisons commerciales. Son objectif est de se servir de l'île, plus que de la servir. Mais l'un n'exclut pas l'autre.
Gênes construit, Gênes urbanise (Bastia, devenue le siège du Gouverneur), Gênes protége les cultures contre les troupeaux, stimule les plantations d'arbres fruitiers. Mais aussi Gênes prélève de lourds impôts, prétend interdire le port d'arme, condamne aux galères, cherche a implanter sur la côte occidentale des Grecs chassés par les Turcs et dont les Corses ne veulent pas.
De l'île, les Génois font venir les huiles de la Balagne, les vins du Cap, les huîtres des étangs lagunaires, du bois, de la poix. Tenant à l'exclusivité du commerce Corse, ils interdisent toute exportation sans autorisation préalable et frappent de droits tous les produits, à l'entrée comme à la sortie.
De la tutelle génoise, I'île conservera, avec ses ponts et ses tours, un idiome le plus souvent apparenté au toscan, une certaine façon de vivre et de mourir, le sens des processions publiques et du faste funéraire. Ce n'est pas un mince héritage.
C'est à la mort de Giudice, que les génois n'urent plus à se préoccuper des affaires de Corse, car l'île, demeurant privée d'un chef suprême les anciens gentilshommes qui s'y trouvaient reprirent possession de leur terre.
Ayant conquis la Corse, Gênes s'en désintéressa alors momentanément. Cela n'est pas surprenant, quand on sait que la Capitale Ligure qui est alors à l'apogée de sa puissance n'a aucun intérêt économique immédiat à exploiter une île qu'elle ne s'est appropriée que pour des raisons stratégiques essentielles.
En 1297 le pape Boniface 8, pour réaffirmer sa souveraineté théorique sur les îles avait enlevé à Gênes la Sardaigne et la Corse pour en investir le roi d'Aragon Jaime II.
Investiture qui fut renouvelée en 1305 par le pape Clément V. Mais la maison d'Aragon se préoccupa d'abord de s'emparer de la Sardaigne.
Gênes, affaiblie par les menaces de ses assaillants externes dans plusieurs de ses conquêtes, doit aussi faire face à une grave crise interne qui pour des décennies l'empêchera d'intervenir en Corse. C'est ce moment que choisit Aragon pour faire valoir ses droits sur la Corse.
Une telle indifférence de Gênes, devant la menace aragonaise s'explique par le fait que les génois et les aragonais avaient été alliés contre la maison d'Anjou en Sicile, et que , en Sardaigne même, c'est aux Pisans que s'en prennent d'abord les soldats de Jaime II. Mais bientôt le sentiment du danger assaille les deux cités rivales qui unissent leur forces dans un tentative infructueuse de reconquérir la Sardaigne en 1325.
Pendant quelques années s'établit alors un "modus vivendi" : moyennant le passage sous la souveraineté aragonaise des possessions des dorias en Sardaigne, l'Aragon renonça à ses droit sur la Corse.
Mais lorsque en 1346, les troupes du roi d'Aragon Don Pedro, débarque dans la région de Bonifacio, Gênes entre en nouveau en lutte contre les aragonais et leurs alliées Vénitiens, alors force est aux génois de s'intéresser de près à la conquête définitive et à l'occupation stable de la Corse qui devient maintenant pour eux un élément vital de leur survie, le dernier rempart contre la prépotence de ses adversaires.
Gênes sortit victorieuse du conflit, mais les nobles Corses ne se soumirent qu'au début du XVI siècle, après une succession de révoltes au cours desquelles ils luttèrent désespérément contre Gênes jusqu'à l'anéantissement de leur propre puissance.