Jusqu'au milieu du XIIème siècle, la ville de Lyon était au pouvoir des comtes de Forez et de Roannez, sous la souveraineté purement nominale de l'empereur d'Allemagne. Le pouvoir impérial était cependant lointain ; les comtes et les archevêques de Lyon se disputèrent donc l'autorité sur la ville jusqu'en 1173, date à laquelle, l'empereur ayant reconnu à l'archevêque de Lyon, primat des Gaules, des droits souverains, le Lyonnais fut séparé du Forez, et [/B]le pouvoir ecclésiastique gouverna la ville,[/B] avec droit de justice, de battre monnaie et de lever des troupes ; un traité définitif régla le partage des terres et des droits : l'archevêque restait seul maître du Lyonnais, ne partageant son pouvoir temporel qu'avec les chanoines-comtes de St Jean, constitués en chapitre depuis le IXème siècle. La population se développait dans la presqu'île depuis qu'un pont de pierre, à la fin du XIème siècle, reliait la presqu'île à la cité blottie au pied de Fourvière. Des bourgs se constituaient, animés par des marchands que les exigences féodales de l'archevêque ou des chanoines exaspéraient. Etant donné qu'un peu partout, en Forez et en Beaujolais par exemple, des villes plus petites avaient obtenu des chartes de franchises leur assurant une certaine autonomie, la situation de leur ville paraissait caduque aux Lyonnais du XIIIème siècle. Ce régime déplut à la puissante commune de Lyon, uniquement composée de bourgeois et de marchands, lesquels pendant plus d'un siècle luttèrent pour s'émanciper. ils formèrent donc à plusieurs reprises des "conspirations" et "communes" contre leurs seigneurs naturels. La devise de la ville encore aujourd'hui, "En avant Lion le melhor", est le cri de guerre des Lyonnais de 1269 allant piller les biens et massacrer les paysans dépendant des chanoines de St Just et de St Jean. La municipalité a consciencieusement conservé cette devise, comme un avertissement à l'autorité religieuse…
Après plusieurs révoltes malheureuses, ils firent appel au roi Philippe IV le Bel qui, en 1292, prit Lyon sous sa protection : il annexa la ville au royaume et confisqua à l'archevêque une partie de ses pouvoirs de justice. L'archevêque abandonna aux bourgeois quelques pouvoirs d'administration et de gestion par la charte de franchise de 1320. La ville était administrée par la "commune", constituée des bourgeois commerçants qui nommaient, chaque 21 décembre, douze consuls, toujours notables et choisis parmi les familles riches ; ce corps consulaire s'appelait le "syndical". Vingt ans plus tard, le 10 avril 1312, un traité, conclu entre la commune, l'archevêque et le roi, réunit définitivement Lyon au royaume de France. Institués vers le milieu du XIIIème siècle, les "bourgeois du roi" constituaient une catégorie particulière de sujets qui, en réclamant la justice du roi, se détachaient, soit de leurs liens de sujétion envers un seigneur, soit de leurs obligations de résidence dans une ville, et dès lors ne relevaient plus que du pouvoir central. Cette institution pris un grand développement sous Phililppe le Bel. On peut dirre que les bourgeois du roi furent les premiers Français à avoir un statut juridique comparable à celui du citoyen moderne.
En dépit des revendications de Jean de Marigny, archevêque de Sens et qui contrôlait le diocèse de Paris, l'archevêque de Lyon parvint à garder le primatiat des Gaules, seule prérogative qui lui fût maintenue.
Durant ces temps de conflits, Lyon avait pourtant accueilli deux conciles importants, justifiant de longs séjours des Papes à Lyon. Le premier, réuni en 1245 dans la cathédrale St Jean en cours de construction, avait prononcé l'excommunication de l'empereur Frédéric II de Hohenstauffen ; le second, convoqué par Grégoire X en 1274, avait pour objet de refaire l'unité des Eglises d'Orient et d'Occident, et de célébrer la christianisation des Tartares. En 1305, Lyon accueillait le Pape Clément V, qui allait se faire couronner à St Just. En 1316, 23 cardinaux se voyaient enfermés sur ordre du régent de France, le comte de Poitiers, futur Philippe V le Long, dans le cloître des Frères Prêcheurs, c'est-à-dire les Dominicains (dits aussi Jacobins en raison de l'église St Jacques qu'on leur avait donnée à Paris, et autour de laquelle ils avaient installé leur communauté). Le couvent de Lyon, où se tint le conclave de 1316, avait été édifié en 1236 sur des terrains situés derrière la maison des Templiers. L'ensemble du monastère s'étendait de l'actuelle place des Jacobins jusqu'à la place Bellecour. Les cardinaux furent enfermés afin qu'ils procèdent à l'élection du nouveau Pape, Jean XXII.
La ville connut durant la Guerre de Cent Ans (XIVème / XVème siècles) des disettes et des destructions. La peste noire de 1348, qui ravagea l'Europe pendant trois ans, réduisit d'un tiers la population de Lyon. Un dépression économique s'ensuivit. La ville retrouva équilibre démographique et prospérité dans la seconde moitié du XVème siècle.
