Cuando Felipe II decide Madrid como capital del reino es en 1551, muchisimo antes de la construcción de El Escorial, e incluso de ser coronado rey de España.
La mayor parte de su infancia la habia pasado a caballo entre Madrid y Aranjuez, así que ambas localidades las conocia bien. La razón Principal por la que tomo Madrid como su capital fue que la ciudad contaba con un Alcázar propio, la cercanía de los bosques de El Pardo (Felipe era muy aficionado a la caza) y además la cercania de las florestas de Aranjuez, q tanto le gustaban y que tan bien sentaron a la salud de Isabel de Valois cuando vino a España.
Lo de la centralidad es un factor tambien a tener en cuenta, pero que tampoco es determinante.
He estado leyendo mas arriba que el rio Tajo era navegable entre Toledo y Lisboa, cosa que no es cierta. Existia un proyecto para construir un canal entre ambas ciudades para hacerlo navegable, pero que debido a la situación economica en España nunca fue posible.
Otro dato, esta vez para descartar Valladolid. Valladolid podia ser la población mas importante de Castilla, pero a la vez era una ciudad antigua, fea y aun sumergida en el medievo. En 1561 sufre un incendio que obliga a reconstruirla practicamente entera, y que da lugar a una ciudad mas propía de XVI.