Habian samurais y daimyos convertidos al catolicismo, no creo que hubiese habido excesivos problemas de revueltas en ese sentido, tarde o temprano se hubiese convertido todo el país. (El japón Tokugawa/Edo también sufrió revueltas catolicas posteriores, que obviamente acabaron en masacres).
El ejercito japonés sería menos profesional que los tercios, y podrían ir peor armados, pero... ¿Tu has visto el número de unidades que se manejaban en el periodo Sengoku?
Ejemplo
España podía haber apoyado a los daimyos catolicos, con tecnologia (Más allá de venderles armas de polvora, aunque estos, terminaron produciendo sus propias armas) y entrenamiento europeo, sumado a algún destacamento de tercios en Nagasaki, y seguramente, estos daimyos hubiesen barrido al resto, terminando con la unificación de Japón. Pero mira, en esos momentos estabamos por otros menesteres en Europa y Felipe III tampoco veía con buenos ojos ir regalando su tecnologia por el mundo (imagina que estos la venden a enemigos de la corona, como Inglaterra u Holanda, o la utilizaban para invadir posteriormente las Filipinas).
Un país unificado como Japón, con 10 millones de habitantes, con tecnologia europea, catolicos y aliados de España, hubiese sido muy provechoso para nosotros, teniendo el monopolio absoluto del comercio en Asia...