La última vez que miré, ponía bien claro, y pude comprobar personalmente jugando con un protestante, que tal cosa no es posible en cuanto a la elección. Quizás se haya cambiado en los últimos parches, pero no me suena.
Esto no quiere decir que no pudiera haber un emperador protestante. De hecho sí que puede haberlo: Que fuera elegido cuando era católico y luego se convirtiera, siendo emperador en protestante. Pero sólo puede ser elegido un católico, en el momento de la muerte del anterior emperador.
La última vez que jugué en esa zona (en el 1.07 creo), con Austria eliminada, y a pesar de que era el único elector presente (por tanto el único voto a tener en cuenta), nunca fui elegido al ser protestante. Siempre se elegía algún otro país católico (normalmente el que mejores relaciones tenía conmigo o España).
Por cierto, que Lituania es católica.
No pueden haber electores ortodoxos, ya que todos los países de esa zona, o que se puedan formar en esa zona, son católicos, protestantes o reformados inicialmente (o en el momento de su creación), y estas religiones no se pueden cambiar a la ortodoxia cristiana oriental.